Para el caso de Puebla, la zona arqueológica más importante es Yohualichan (“La casa de la noche”) en Cuetzalan del Progreso, cuya denominación se vincula a la abundancia de cavernas en la región. Su relevancia consiste en ser el primer asentamiento totonaco, el cual vivió su momento de auge alrededor del año 600. Luego de su declive, su población emigró y fundó lo que hoy conocemos como el Tajín.

Seguidamente al proceso de conquista, es necesario recordar que los religiosos encargados de la evangelización de las Indias de Castilla no fundaron un convento en cada altepetl, sino únicamente en aquellos que consideraron de mayor relevancia. Así, a cada convento se le asignó un territorio que comprendía varios pueblos comarcanos en los cuales se podía establecer una iglesia de visita. Con relación a la Huasteca poblana, las incursiones de los evangelizadores en el siglo XVI a las áreas serranas resultaron dificultosas debido a la complejidad de la topografía. No obstante, su presencia fue temprana. Sirva de ejemplo el convento franciscano establecido en Hueytlalpan por fray Andrés de Olmos (hoy iglesia de San Andrés), quien llegó al pueblo en 1539.

Los que afrontaron de forma sistemática los asentamientos en la Huasteca fueron los agustinos. En 1543 establecieron un convento en Huauchinango (lugar que hoy ocupa el Santuario de Nuestro Señor Jesucristo en su Santo Entierro), y en 1552 otro en Pahuatlán (actualmente Parroquia de Santiago Apóstol). En la década de 1580 fundaron conventos en Xicotepec, Tlacuilotepec y Naupan.

Muchas de las fundaciones conventuales de las órdenes mendicantes tuvieron un carácter efímero y fueron abandonadas por los religiosos. De forma paulatina emergieron parroquias fundadas por el clero secular, el cual partió de la base de la subsistencia de los altepeme, erigiendo parroquias en cada pueblo. Muchas de estas fundaciones no solo determinaron las unidades y demarcaciones eclesiásticas, sino también las políticas de la región que aún perduran hasta el presente. Sobresale la parroquia de San José en Amixtlán, la parroquia de San Salvador en Huehuetla, la parroquia de la Virgen de la Asunción de Ixtepec y la parroquia de San Francisco en Caxhuacan.